Sie funktionieren nicht weil sie nicht da waren, obwohl sie in Vortex aktiviert waren.
Da solltest Du schauen, ob sie denn im Data-Ordner vorhanden und in die plugins.txt eingetragen sind.
Für den Wurzel Keller habe ich auch zwei Mods installiert und aktiviert, doch diese waren auch nicht da.
Wenn gleich mehrere Mods nicht funktionieren, liegt das für gewöhnlich nicht an den Mods.
Ich will Fallout 4 nicht deinstallieren.
Aber möglicherweise möchtest Du verschiedene Mods ausprobieren. Da wäre es suboptimal, wenn nach jedem Wechsel der Inhalt der Werkbank verschwunden ist.