Nun sind Gamer i.d.R. nicht die hellsten Kerzen auf der Torte und folgen jedem "10 geheime Tricks, die Dich zu 'nem SuperCool Dude machen" im Netz und fangen an, an der .ini zu Fummeln, selber Dateien zu verschieben und verschiedene Mod-Manager zur selben Zeit zu nutzen. Das Ergebnis kann man sich vorstellen.
Naja, wenn an der Stelle nicht nachgedacht wird, sollte man sich vllt Gedanken machen, ob es wirklich sinnvoll ist ein Spiel zu Modden (da muss ich dir aber Recht geben, von solchen Menschen gibt es leider zu viele ). Ich selbst habe die Ini von Skyrim ganz leicht bearbeitet (nur was für mich absolut nötig war, also maximal 2-3 Einträge).
MO2 kopiert nur bei Spielstart keine Dateien in den Data- oder sonstige Ordner, sondern in einen gesonderten Unterordner bei sich selbst. Ich kann mir dadurch das Spiel nicht durch Mods zerschießen, weil nichts in deren Verzeichnissen vorhanden ist (außer das, was ich selbst reinkopiere). Anders sah es da z. B. beim NMM aus (ist schon ewig her, das ich den genutzt habe). Da kam es immer wieder mal vor, das ich das gesamte Spiel deinstallieren und alle übrigen Dateien händisch löschen musste, weil es nicht möglich war, nur die Dateien eines bestimmten Mods zu entfernen. Sind halt irgendwann einfach zu viele Dateien.
Ich kann mit dem MO2 auch einfach Mods deaktivieren, ohne Angst vor Überbleibseln zu haben, die für Probleme sorgen könnten. Weil eben sonst nichts im Spiele-Ordner ist .