Welche Mods und weshalb sie nicht funktionieren, wird dir im Endeffekt keiner sagen können. Da gibt es einfach zu viel was da reinspielen kann. Da hilft im Zweifel nur in die Kommentare der Mods zu schauen, ob eine Mod jetzt akut Probleme hat nach dem Update.
Durch spieleseitige Updates kann es immer zu Inkompatibilitäten kommen, die erst einmal durch ein Update der entsprechenden Mod behoben werden müssen (sofern der Modder da noch was macht). Aber auch Mods untereinander können zu Problemen führen.
Auf Nexus gibt es einige Diskussionen zum Thema, zum F4SE u.a. hier. Ein Update scheint sich wohl noch hinzuziehen. Auf der F4SE-Seite steht aktuell eine dicke rote Anmerkung, dass es wohl Schwierigkeiten gibt.
Was genau und welche funktionieren denn jetzt nicht ?
Eine Liste des Update-Status der aktuell 48059 Mods auf Nexus und 30629 Mods auf Bethesda müsstest Du Dir wohl selbst erstellen, ich nehme nicht an, dass das jemand tut 
Vielleicht solltest Du Deine Frage etwas präzisieren.
woran ich erkenne ob diese funktionieren oder nicht?
Entweder Du fragst konkret, ob schon mal jemand die Mod XYZ mit der neuen Spielversion zum laufen gebraucht hat oder Du probierst es selber aus.
Selber ausprobieren geht vermutlich schneller, als darauf zu warten, dass jemand von den über 70.000 Mods genau die gleichen wie Du benutzt.
Keine Angst, Du kannst da nichts kaputt machen. Wenn eine Mod nicht läuft, deinstallierst Du sie halt wieder und wenn Du tatsächlich das Spiel schrotten solltest, was ziemlich unwahrscheinlich ist, installierst Du es eben wieder neu.
Nicht vergessen, deine Ergebnisse auf der entsprechenden Mod-Seite in den Kommentaren zu hinterlassen, dann weiß der nächste Nachfragende Bescheid - so funktioniert die Community.
ich habe gestern mal etwas herum experimentiert und einige meiner standardmods
auf das neue update installiert.
soweit ich sehen konnte brauchen alle der getesteten mods kein f4se.
Und auch nach mehreren spielstunden lief es recht stabil.
Auch konsolenbefehle gehen weiterhin wie z.b.
player.setav agility 50
player.setav carryweight 2000 usw.
oder auch die typischen cheatbefehle wie tgm, tcl, oder tmm 1 für die kartenaufdeckung
gehen weiterhin.
auch der extraraum den man mit qasmoke betreten kann geht noch.
aauch
die txt-datei _allperks funktioniert und schaltet alle perks frei.
Hier die mods, die ich probiert habe:
homemaker
css redux
fo4 seasons spring
scrap dead things
nsa
bobble and mags outside
immersive vendors
workshop lights
simply better weather aio v6 longer days
buildlimitremover
laundrydays
setlementmenuemanager
settlementobjectsexpanded (soe)
hzs easy homebuilder
hzs office and stores
better cooking stations
busy settlers
singing settlers
tamaters and taters
farming resources
settlers calling
und
clean ans simple aio plus vault 88 und mechanist lear
außerdem noch mehrere clean mods wie
clean settlement greenhouse
clean wasteland workshop
cleaner concrete
clean shacks
cleansettlement waterpumps and generators
cleansettlements weaponracks and padisplay
clean dinner
quitter settlements
Water Power Food and Defense Upgrades
und alles mit dem aktuellen nmm -- nexus mod manager installiert.
Eventuell hilft es ja den einen oder anderen.
nachtrag...
hab noch ein paar dazu getan, und es läuft weiterhin mit den mods:
Better Settlers
Conduits and Pylons Various Wireless Power
Jetpack Ring
Flying Jetpack
Generator Fusebox - More realistic version
Retsam' Construction Pack
Spectacle Island 3 bruecken - Around the Block
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