Langfristig kommst Du sowieso nicht ganz um Far Harbor und NukaWorld herum. Die BoS und die Railroad geben Dir teilweise Aufträge dort, wenn Du die DLCs hast - auch wenn Du noch gar nicht damit angefangen hast. Von daher wird der Plan, es bis nach dem Ende der Hauptquest aufzuheben, wahrscheinlich sowieso nicht funktionieren.
Kann man wenn man will aber verhindern.Einfach abspeichern bevor man ne Bos oder Rail Quest annimmt.Mag man danach die Quest nicht einfach neu laden und noch mal schauen was man bekommt.