Okay, man kann sagen, dass die Knallköpfe bei Beth einen teilweise lächerlichen Job gemacht haben. Allerdings muss man da zwischen Engine und Ingame unterscheiden. Die Skyrim SE-Engine ist sogar der beste Job, den Bethesda seit Anbeginn der zeit gemacht hat, während die Oldrim-Engine bis etwa Patch 1.5 eine dreiste Schweinerei war, mit teilweise bis zu 100% weggeworfenen Ressourcen(das SkyBoost-Debakel).
Ingame hingegen ist die SE einfach eine Kopie der niemals gepatchten Sünden von Oldrim, man kann sagen, dass in Vanilla 75% aller Records(Quests, Waffen, NPC, Felsen, Animationen, Meshes, Texturen, whatever) fehlerhaft und /oder mindestens diskussionswürdig sind. Wobei sich das häufiger in Plotstoppern, Glitches und fehlerhafter Auswertung deiner Skills äussert, als in Crashes. Kannst etwa eine Waffe um 20% weniger verbessern, als du können solltest oder hast die Hälfte der Resistenz. Das Problem ist aber mit dem Unoffical Community Patch weitgehend gegessen, nur Masochisten oder Anfänger installieren ihn nicht.
Wenn man sich Mühe gibt und weiss was man tut, ist die Skyrim SE superstabil, abgesehen von ein paar wenigen Abstürzen, die einfach sein müssen, aber angesichts der Spieldauer Peanuts sind. Okay, natürlich hängt es von der Hardware ab, welche Auflösung Mods haben dürfen.
Die reine Anzahl Mods spielt dabei keine Rolle, abgesehen davon, dass man nicht mehr als 255 esm oder esp-Pugins drin haben darf,. Zusätzlich unterstützt aber Skyrim SE das neue esl-Format, mit dem man nochmals zig Mods drin haben kann. Zusätzlich kann(soll) man unendlich viele Mods ohne esp installieren. Ich schätze, dass ich zu diesem Zeitpunkt über 1000 Mods installiert habe.
Der Punkt ist aber und ich zitiere mich selbst, dass man weiss was man tut. Für Otto Normal-Mod-Nutzer, der lustig alles glitzernde Zeug installiert, stimmt es tatsächlich, dass die Anzahl Mods eine Rolle spielt, wobei es erschwerend hinzu kommt, dass eine kaputte Mod alleine dein Game schrotten kann, oder dass zwei an sich absolut makellose Mods dein Game schrotten können, wenn man sie beide zusammen installiert hat. Je mehr Mods man installiert, je mehr steigt der Anteil an eigener Arbeit, um gefährliche Konflikte zu beheben. Wahrscheinlich sind bei mir 90% aller Mods von subtil bis heftig geändert. Ich habe den Vorteil, dass ich das seit Fallout 3 über tausende von Stunden gemacht habe, länger als viele Leute die betreffenden Games gezockt haben. Ich könnte das als Skyrim-Flüsterer zu meinem Job machen 
Es führt kein Weg an SSEEdit vorbei, wenn du in sauberes Spiel möchtest. Es gibt kein wichtigeres Tool zur Analyse und Behebung von Konflikten. Einfach mal installieren und Skyrim damit laden, nur vom Ansehen macht man nichts kaputtt dabei. Je mehr Mods, je röter wird es darin, teilweise haarsträubende Konflikte, die dein Game tatsächlich kaputt machen können. Wenn man nicht selbst rumschrauben möchte, hilft es wenigstens dem Verständnis, wieso man bestimmte Mods nicht miteiander installieren kann oder wie es trotzdem laufen könnte, wenn man die Reihenfolge ändert. Loadorder-Tools könen dir eine Reihenfolge vorschlagen, aber man muss in keinster Weise denken, es sei damit gegessen. Und zwar weil prinzipbedingt Konflikte sein müssen, aber es teilweise auch bei manueller Analyse keine ratsame Reihenfolge gibt.
Ich kann gerne Tipps zu SSEEdit und Kompatibilität geben.