Ich glaube ich habe mich verkeilt.

Die Entscheidung zwischen den Fraktionen fällt mit der Quest "Mass Fusion". Je nachdem ob du sie einfach vom Insitut annimmst oder zur Bruderschaft rennst und das Institut auffliegen lässt, entscheidet sich deine endgültige Fraktionswahl. Du wirst auch nochmal daraufhingewiesen, wenn du dich mit einer Fraktion verfeinden könntest.
Leg einfach einen Save an und guck wie sich die Sache entwickelt. Gefällt dir die Handlungsverlauf nicht, lad einfach nochmal.