Schon zu spät?

ich habe zwar nur das Institur durch, aber dort war es so dass du ab einem bestimmten punkt eine nachricht bekommen hast von wegen:
bist du sicher das du das tun willst? du wirst ein feind sein etc.

ich schätze einfach mal das wird bei jeder fraktion so sein

Wenn eine Fraktionsentscheidung endgültig ist, und eine Rückkehr zu einer anderen Fraktion ausgeschlossen ist, wird man vom Spiel selbst in aller Deutlichkeit drauf hingewiesen!

Jedoch kann es auch vorher passieren, das einige Missionen der jeweiligen Fraktionen sich so überschneiden oder im Widerspruch stehen, das die eine oder andere Mission unter Umständen nicht abschließbar ist.

Der beste Tipp:
Wirklich im Spiel dabei sein, und AUFPASSEN.
Speichert man noch zusätzlich regelmäßig ab (Neue Spielstände) kann man ggf. schwerere Fehlentscheidungen rückgängig machen.