Haargenau dasselbe Problem hab ich auch ich vermute es liegt wirklich an der Hauptquest wwenn man gegen die synth durchspielt verschwindet er
Allerdings kann man covenant dann doch noch als Siedlung für sich freischalten (setzt leider vor raus alle Bewohner umzunieten)
Einfach in die Kanalisation gegenüber vom covenant eintreten und alles und jeden umnieten darin, danach wieder raus und nach covenant zurück und dort mit den Bewohnern (die nun feindlich gestimmt sind) selbiges tun und Tata covenant kann nach Aktivierung der Werk Bank als Siedlung hinzugefügt werden. 