Die Hauptstory ist mit den 3 Fraktion verbunden(Railroad, Institut und Bruderschaft. Die Minutenmen sind aussen vor und bleiben immer am Leben.
Egal für welche der 3 Fraktionen du dich entscheidest musst du die anderen beiden immer ausrotten.(so ist das eben unter Feinden, da kommst du nicht drumrum)
Für mich war auch die Bruderschaft die Entscheidung. Zumal man Shaun dann noch(wenigstens) als Synth zurückbekommt.
Die Railroad möchte die Synths befreien um ihnen eine Chance auf ein Leben zu geben. (betrunken oder zuviel gekifft)
Und das Institut ist der Buhhmann des Wastelands. (sollte man sich überlegen ob man da Institutsleiter werden möchte, könnte im Ödland an der ein oder anderen Stelle zu Problemen führen, da dich niemand mag)