Das Problem mit Vortex ist das genaue Gegenteil, es macht nicht was es will, sondern zwingt den User bei Unklarheiten zu einer Entscheidung, wo andere Modmanager den User in Konflikte laufen lassen.
Jemandem, der sich nicht so gut auskennt, erscheint das natürlich sehr kompliziert.
Diese "Flecken" sind eine falsch platzierte Textur. Beim dem viel feineren CBBE-Mesh muss die Textur anders gefaltet werden als beim Vanillabody.
fallout-forum.com/core/index.php?attachment/10207/
Wie Du siehst befinden sich die verschiedenen Körperteile an unterschiedlichen Positionen. In Deinem Beispiel wird das linke Bild statt dem rechten um das Mesh gelegt, was dann natürlich zu den sichtbaren Abweichungen führt.
Das bedeutet, nachdem Du CBBE installiert hast, hat irgendeine andere Mod die Datei FemaleBody_d.dss (sowie FemaleBody_n.dss, FemaleBody_s.dss) wieder mit etwas eigenem überschrieben. Nun musst Du herausfinden, welche das war. Da Du schreibst, dass es ALLE betrifft, ist ein heißer Kandidat bei der Suche ein Texturreplacer, also irgendeine Mod, die eine "schönere Haut" verspricht.