In der Werkbank sammelt man hauptsächlich den "Schrott". Deswegen gibts auch eine entsprechende Taste, um den ganzen Schrott mit einem Klick einzulagern.
Da man aber Werkbänke verschiedener Siedlungen unter bestimmten Voraussetzungen teilen kann, könnte es durchaus nützlich sein, dort auch Rüstungen/Waffen etc. zu lagern.
Alles andere kannst/musst Du eben selbst in Kisten, Schränken, etc. einlagern/sortieren.
Dazu kannst Du in jeder Siedlung eine/deine Unterkunft beliebig einrichten. (Siedlungsbau)
Die eingelagerten Dinge verschwinden auch nicht.
Begleiter können NICHT sterben, wohl aber Kampfunfähig werden. (Ohnmächtig)
Nach einem Kampf rappeln sie sich dann aber wieder selbst auf.
Ps: Das "eingelagerte" Gegenstände in FO 3 & NV verschwunden sind, ist mir "eigentlich" neu. (In Spieler-Häuser 100% nicht)