Im Verlauf des Spiels hilft man dabei dem Militär zu dem zu werden was später als die BoS in die Falloutgeschichte eingehen wird.
Die Geschichte ist eigentlich mit Fallout 1 abgehakt, da dort genau erklärt wird wie die Brotherhood of Steel vom Mariposa Stützpunkt aus das Ödland, erkundet, West-Tek vernichtet und dem Vaultbewohner bei der Vernichtung des Meisters, der eine Supermutanten-Armee aufbauen wollte, geholfen hat.